造成下痢的原因有兩大類,局部疾病引起和全身性疾病引發;局部疾病引起多造成急性下痢和嘔吐,包括食物改變、對食物不適應、亂吃、寄生蟲感染等。全身性疾病會造成急性小腸型下痢,包括有胃腸道外的疾病,如肝病、甲狀腺機能亢進、腎上腺機能退化、胰臟炎、腎病、右心衰竭等,還有原發於腸胃道的疾病,如出血性腸炎、感染(細菌、病毒、黴菌)、炎症性腸病、腫瘤、異物或腸套疊阻塞、寄生蟲感染、十二指腸潰瘍等,其他還有因毒素(經口攝入之毒素、重大炎症疾病如子宮蓄膿時細菌產生之內毒素等)造成。全身性疾病也會造成慢性或間歇性小腸型下痢,包括有胃腸道外的疾病,如胰外分泌功能不全、肝病、甲狀腺機能亢進、腎上腺機能退化、慢性胰臟炎、腎病等,還有原發於腸胃道的疾病,如對食物不適應、感染(細菌、病毒、黴菌)、炎症性腸病、腫瘤、部分阻塞、寄生蟲感染、細菌過度繁殖、絨毛萎縮等。全身性疾病也會造成慢性或間歇性大腸型下痢,如對食物不適應、感染(細菌、病毒、黴菌、寄生蟲)、炎症性大腸炎、腫瘤、狹窄性阻塞、異物阻塞、盲結腸套疊或盲腸易位,和壓力型大腸炎或大腸急躁症等。因至少有三十種以上不同病因會導致腹瀉,所以若觀察下痢是狀況特別嚴重地持續發生或慢性間斷性的發生時,而同時也有活力下降、體重減輕、消瘦、食慾不振、厭食或其他異常症狀,就必須考慮造成下痢的原因並不單純,建議儘早就診檢查治療。